在《神奇动物在那边》第一部的结尾，纽特·斯卡曼德（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 饰）协助美国魔法国会，将壮大的黑巫师盖勒特·格林德沃（约翰尼·德普 Johnny Depp 饰）抓捕归案。但格林德沃不久便兑现大言胜利逃狱，并开端纠集信徒，着手实现他们的险恶目标：让纯血统的巫师成为统治阶级，镇压一切非魔法生物。为挫败格林德沃的诡计，阿不思·邓布利多（裘德·洛 Jude Law 饰）向往日的学生纽特·斯卡曼德追求赞助。纽特欣然承诺，却没有意识到，他将踏上的会是一段充斥艰险的将来征途。此时的魔法世界面对空前的决裂乱局，阶级鸿沟日益加深，爱与忠实备受考验，至亲石友也可能交恶构怨……