在第二次新吉恩战争 别号夏亚的兵变终结后 地球圈获得了短暂的和平 这以后三年 银河系世纪00九六年 在产业殖平易近地产业七号长进行了一项奥秘交涉 内容为－－挨以为是地球联邦当局暗中襙控的比斯特财团将把最高奥秘拉普拉斯之箱交给新吉恩的残党军袖付 另外一方面 在安纳海姆产业特意黉舍就读的少年巴纳吉·林克斯碰见了自称为奥黛丽·本的年轻美女 实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女 美耐巴·扎比 奥黛丽为了避免新的战争爆发 必须组织拉普拉斯之箱的事业 巴纳吉在数次帮忙奥黛丽以后 逐步挨她所吸引 随后 地球联邦发觉了这起事业 并进行军事参和 产业殖平易近地随即化为一片火海 巴纳吉和火伴一边出亡一边寻觅着奥黛丽 而呈此刻他面前的是比斯特财团的当屋卡迪阿斯·比斯特 岌岌可危的卡迪阿斯将出世的奥秘奉告了巴纳吉 并且将箱之钥匙－－矫捷兵士高达独角兽拜托给他 随后 一场环绕拉普拉斯之箱的战争开端了……